MiSeq测序系统采用边合成边测序技术，它是一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过15Gb的数据，最大读长为2×300bp。MiSeq通过可逆终止试剂方法对数百万个片段同时进行大规模平行测序，当每个dNTP加入时，对荧光标记的终止子成像，随后切割，允许下一个碱基的掺入。
      本仪器可用于微生物的基因组测序、小RNA测序、转录组测序以及宏基因组测序。